Študent izdela magistrsko delo in ga po opravljenih vseh obveznostih zagovarja. Pogoj za zaključek študija so opravljene obveznosti pri vseh predmetih, izdelava in zagovor magistrskega dela. Pri pripravi magistrskega dela bo študent spodbujen, da z znanstvenim pristopom obravnava raziskovalni problem iz njegovega delovnega okolja, ki je povezan z vsebinami in kompetencami študijskega programa. Temo magistrskega dela si študent lahko izbere sam ali izbere temo iz seznama tem, ki ga pripravijo visokošolski učitelji. Tematska področja študijskega programa so: management zdravstvenih in javnozdravstvenih problemov, poznavanje delovanja zdravstvene organizacije, aplikacija novih metod načrtovanja v managementu, sodobno vodenje, organiziranje zdravstvene ustanove in sistema, kritično presojanje in sprejemanje strateških odločitev, družbena odgovornost v zdravstvu, reševanje problemov, procesi kadrovanja in sodobni kadrovski management, pravni in etični vidiki zdravstva, implementacije inovacij in sprememb v zdravstvenem sistemu, ipd.

Seznam mentorjev za magistrska dela
Seznam mentorjev in naslovi magistrskih del so objavljeni v ŠIS-u (Gradiva/Druga/Navodila).

Pravilnik o postopku priprave in zagovora magistrskega dela
Pravilnik o postopku priprave in zagovora magistrskega dela na študijskem programu druge stopnje na Fakulteti za zdravstvo Angele Boškin (pravilnik je objavljen v ŠIS-u Gradiva/Drugo/Pravilniki).